（1）启动子：可与RNA聚合酶特异性结合而使转录开始的一段DNA序列。但启动子本身并不被转录,属于基因上游对转录起调控作用的5′ 端非编码区。一般可分为两类，一类是RNA聚合酶可以直接识别的启动子；另一类是与聚合酶结合时需要有蛋白质辅助因子。

（2）终止子：在转录过程中，提供转录终止信号的DNA序列，在RNA水平上通过转录出来的终止子序列形成茎—环结构而起作用。
（注意：终止子和启动子不同，启动子由DNA序列来提供信号，但真正起终止作用的不是DNA序列本身，而是转录生成的RNA。）

（3）起始密码子：信使核糖核酸分子中规定编码多肽链第一个氨基酸的密码子。细菌的起始密码为AUG,转译为n-甲酰基甲硫氨酸;或较罕见的GUG(缬氨酸)。真核生物的起始密码子总是AUG,转译为甲硫氨酸。起始密码子在相应的DNA中为ATG。

（4）终止密码子：信使核糖核酸分子中作为转译多肽链终止信号的三联体密码子。可终止蛋白质合成。此密码子通常用矿石或宝石命名，有3种，包括琥珀密码子(UAG)、赭石密码子(UAA)、欧珀密码子(UGA)等。

区别：启动子和终止子均为结构基因非编码区的DNA序列，且长度远不止三个碱基，都与基因的转录过程相关联。起始密码子和终止密码子均位于信使核糖核酸分子中，且均只含三个碱基，都与mRNA的转译过程相关联。